Bioinformatic pipeline

Suljettu Julkaistu 3 vuotta sitten Maksettu toimituksen yhteydessä

$30-250 USD

Maksettu toimituksen yhteydessä

Suljettu Maksettu toimituksen yhteydessä

Hi, I'm looking to code a bioinformatic pipeline including:

- Downloading data from SRA, ENA, JGI, and NCBI

- Four main steps: (1) matching SRA sample to genomes using package Mash, (2) QC preprocessing SRA samples using software FastqPuri (3) Quantifying abundance against matching genome using software kallisto or STAR alternatevely (4) Generating orthology (one-to-one) relationship of genes across all genomes using OrthoFinder2

-One step for result consolidation into a count table

The main task is chaining output from one tool as input for the next.

Please provide me with a quote.

Thanks in advance

Python

Projektin tunnus: #26495040

Tietoa projektista

5 ehdotusta Etäprojekti Aktiivinen 3 vuotta sitten

Haluatko ansaita rahaa?

Freelancerin tarjouskilpailun edut

Aseta budjettisi ja aikataulu
Saa maksu työstäsi
Hahmottele tarjouksesi
Rekisteröinti ja töihin tarjoaminen on ilmaista

5 freelanceria on tarjonnut keskimäärin $154 tähän työhön

Käyttäjän NovaSofts profiilikuva
NovaSofts

Hello Sir/ Ma’am We are a group of Software Engineers (Programmers) having 10+ years of experience. Expert in JAVA, C, C++ , C# , Python, ANDROID,IOS, MATLAB, IONIC. Done 700+ projects here on FREELANCER.COM. The Lisää

$140 USD 1 päivässä
(13 arvostelua)
5.2
Käyttäjän PKonstiantyn profiilikuva
PKonstiantyn

hope this message finds you well, I checked your details and I believe that my experience is what you are looking 4. I have been working on similar projects for the past eight years, and I have the essential skills inc Lisää

$140 USD 7 päivässä
(17 arvostelua)
6.0
Käyttäjän suyashdhoot profiilikuva
suyashdhoot

Hi I am a very experienced biostatistician, bioinformatics data scientist and academic writer. I have completed several PhD level thesis projects involving advanced statistical analysis of data. I have worked with data Lisää

$250 USD 7 päivässä
(22 arvostelua)
5.6
Käyttäjän mzdesmag profiilikuva
mzdesmag

I have a rich knowledge in the domains of Neural Network, Python, Matlab, Natural Language Processing, Asterisks PBX, Linux, Image Recognition & Artificial Intelligence, Recommender Systems, Machine learning, Data Minn Lisää

$40 USD 1 päivässä
(6 arvostelua)
4.3
Käyttäjän vicky5258 profiilikuva
vicky5258

I have gone through the details of the project it sounds interesting, I am a data scientist who worked on django as well on making exe files using tkinter and automation using selenium i think my data science experienc Lisää

$200 USD 7 päivässä
(0 arvostelua)
0.0
Ilmoita samanlainen projekti