Genoma Bacteriano Expuesto a Estrona -- 2

@giorgiocanessa

Durante mi tesis trabajé en el análisis de genes homólogos con potencial para degradar compuestos químicos (parabenos), abordando su contexto genómico y funcional. En este proceso utilicé entornos Linux (Ubuntu), gestioné dependencias con Miniconda y desarrollé scripts en Python para análisis y procesamiento de datos. Tengo experiencia trabajando con pipelines bioinformáticos, incluyendo control de calidad de lecturas (FastQC), limpieza de secuencias (Trimmomatic/Cutadapt), ensamblaje genómico (SPAdes) y análisis posterior. Además, puedo interpretar resultados, documentar flujos de trabajo de forma clara y apoyar en la redacción técnica, especialmente en la identificación de genes y rutas metabólicas relevantes. Me interesa especialmente este proyecto por su enfoque en biodegradación de compuestos como la estrona, ya que se alinea directamente con mi experiencia en análisis funcional de genes asociados a degradación de contaminantes. Soy responsable, ordenado con la documentación y tengo buena capacidad para comunicar resultados de forma clara en español. Quedo atento para conversar más detalles del proyecto.

@Aaleen110

Tengo una amplia experiencia en genómica comparativa y análisis transcriptómico, centrada específicamente en cómo las poblaciones microbianas se adaptan a compuestos disruptores endocrinos como la estrona. Al haber analizado previamente rutas de degradación de hormonas esteroideas en diversos nichos, entiendo perfectamente el estrés metabólico y la regulación enzimática que ocurre cuando un genoma bacteriano se somete a estas presiones selectivas. Mi objetivo es proporcionarle un análisis bioinformático riguroso que no solo identifique cambios genéticos, sino que explique el mecanismo adaptativo y el potencial de degradación de su cepa frente a este compuesto. Para abordar este proyecto, propongo un flujo de trabajo que inicia con el procesamiento de lecturas y alineación mediante Bowtie2 o BWA, seguido de un análisis de expresión diferencial con DESeq2 para identificar genes clave vinculados al metabolismo de la estrona. Utilizaré enriquecimiento funcional a través de bases de datos GO y KEGG para mapear las rutas metabólicas activadas y herramientas como Prokka para la anotación precisa de marcos de lectura abiertos. Finalmente, integraré todos los hallazgos en visualizaciones de alta calidad técnica mediante scripts personalizados en R o Python, facilitando la interpretación biológica profunda de los datos genómicos obtenidos durante la exposición. ¿Se trata de un aislado puro o un consorcio bacteriano, y cuenta ya con los archivos de secuenciación raw (FastQ) o requiere apoyo previo con el ensamblaje de novo? Me gustaría saber también si busca identificar específicamente elementos genéticos móviles o plásmidos asociados a esta respuesta metabólica. Quedo a su disposición para conversar por chat y ajustar los detalles técnicos del análisis; podemos agendar una breve llamada si prefiere profundizar en los objetivos específicos y los entregables del estudio.